抗日战争爆发后，参加和指挥了抗击日军的南京保卫战。1937年11月，日军占领上海，然后兵分三路对南京实行大包围。12月8日，蒋介石连续三次紧急点令;召唐生智召开紧急军事会议，在萧山令的几次催促下，唐生智登上飞机赴重庆，国家宪兵司令一职交萧山令全权代理。其日，同乡部属陈辑川专访指挥部，帮萧山令分析眼下局势;“守军装备落后，援军无望，守城部队临时拼凑，难以指挥，将士虽英勇，但牺牲惨重……”，劝萧山令“度势应变，以策安全”。萧山令沉思良久，毅然答道;“授命拱卫首都，防守无方，无以对党国，杀敌不力，无以对金陵老小，贪生怕死，俯首称奴，何脸见江东父老，我走，南京的老百姓怎么办”?　12月9日，陈辑川再次找到新街口的临时指挥所，劝其早作退计，萧山令凛然答道;“现形势已乱，各自只顾逃命，满城游勇散兵，不听指挥，军心民心无法稳定， 守土为国是军人的职责，我应尽忠报国，笑卧沙场，死守南京，我意早决!”其视死如归之浩然气，令陈为之震慑。

　　12月12日下午3时，唐生智与蒋介石电令;“全线突围撤退”。命令萧山令为渡江总指挥，各军团按指定地点突围。

　　突围命令下达后，除83军，66军按军令绕栖霞山突围外，其余74军、72军、71军、87师、88师全部夺路涌向下关，数十万军民争相抢渡，乱成一团。从挹江门到下关，人山人海，呼天叫地，争先恐后，水泄不通。军人任意鸣枪，自相残踏、被踩死、打死的人不计其数。

　　前面;浩瀚长江，波涛滚滚，天寒水冷，渡江无船。城内;日军疯狂追杀，枪鸣炮轰，烟尘滚滚，烈火冲天。江面;日寇军舰横冲直撞，翻江倒海，天空;日本飞机呼啸轰炸，机枪横扫，地动山摇。

　　为了逃命，人们纷纷涌入长江，江面人头点点相互挣扎，淹死冻死不计其数。

　　萧山令镇定如铁铸，果断的命令宪兵队长罗友胜带大部宪兵到蛇山、龙蟠山阻击日军，自己则率部拆屋扎筏，掩护军民渡江。在整个夜晚里，萧山令数次被部下推到筏上，但他几次都挣脱上岸指挥掩护扎筏抢渡，直到12月13日晨，下关仍有三分之二的军民无法渡江。

　　7时许，日军骑兵七千人与三艏军舰逼近江边，水、陆空夹击我抢渡军民。见日军疯狂的屠杀我渡江军民，镇静如铁的萧将军再也镇定不住，热血炸肺，大声疾呼;“杀身成仁，今日是也”!浑身捆满手榴弹，身先士卒，率部冲向日骑兵，在接连不断的爆炸声中，日军纷纷落马，萧将军也在巨大的爆炸声中凝聚成了一具永不屈服的中华民族军魂!(另一种说法：13日上午7时，他率领掩护撤退的部队抵达江边，看到国军遭到水陆夹击，军民死伤遍野，悲愤至极，疾声呼喊：“杀身成仁，今日是也!”遂率部与日军冲锋、肉搏，血战5个小时。国军弹尽援绝,江边官兵多数战死，血流成河。他目睹惨状，无回天之力，痛不欲生，遂举枪自杀殉国，时年45岁。有人在其遗照上题：“敦诗笃礼，义胆忠肝，气吞暴日，名并钟山。”)

　　萧山令(1892—1937)　　

      生于1892年6月11日(清光绪十八年五月十七)。湖南益阳人，字铁农。保定陆军军官学校第三期步兵科毕业。　　

      1916年8月军校毕业后派往湖南陆军服务。历任湖南陆军第8守备队(司令蔡钜猷)、沅陵镇守使署(镇守使蔡钜猷)、湖南陆军第1师(师长贺耀组)、国民革命军独立第2师(师长贺耀组)中下级军官、湖南省沅江县县长等职。　　

        1929年2月出任首都卫戍司令部(司令谷正伦)参谋处中校参谋。　　

        1932年1月升任宪兵司令部(司令谷正伦)总务处上校处长。　　

        1935年5月4日叙任陆军步兵上校。　　

        1936年2月22日升任宪兵司令部少将参谋长。同月26日转任陆军宪兵上校。　　

        1937年5月7日晋任陆军少将。11月升任宪兵司令部中将副司令兼首都防空司令部司令、首都警察厅厅长、南京市市长。12月12日在南京与日军作战时阵亡。